Molekulárně genetické vyšetření střevního mikrobiomu ze vzorku stolice
Z analýzy vzorku získáme prvotní informace o stolici, jako je barva, konzistence a pH. Dále se analýzou zjišťuje nejen mikrobiom, ale také bakteriom, tedy přítomnost kvasinek a patogenních (škodlivých) bakteriálních kmenů ve stolici.
V analýze zkoumáme:
- Biodiverzitu: hodnocení střevní diverzity. Různorodé úlohy střevní mikroflóry vyžadují přiměřenou rozmanitost neboli mnohost. Mikrobiom zdravého člověka obsahuje přibližně 2000 druhů bakterií; v nemocném střevě je jich mnohem méně. Příčiny snížené rozmanitosti jsou různé. Nejčastěji je to opakované užívání antibiotik, časté infekce, špatný životní styl - kouření, alkohol, nevyvážená strava, ale také s věkem se diverzita střeva u člověka mění a snižuje. Je také vědecky prokázáno, že nemoci, jako je obezita, ztukovatění jater, cukrovka 2. typu, chronické zánětlivé onemocnění střev, syndrom dráždivého tračníku, rakovina střev a Alzheimerova choroba, snižují rozmanitost střevní mikroflóry.
- Určení enterotypu: podle nejnovějších studií se mikrobiom dělí do tří skupin - tzv. enterotypů:
- Enterotyp 1: se vyznačuje vysokým počtem bakteroidů.
- Enterotyp 2: silnou populací Prevotella.
- Enterotyp 3: vyskytuje se velmi vzácně, zhruba jen v 5 % analýz. Je charakterizován silnou populací ruminokoků.
Každý z enterotypů má jinou metabolickou účinnost. Mikrobiom s převahou enterotypu 1, který se vyskytuje především u osob pravidelně konzumujících maso, je optimálně přizpůsoben k využití tuků, bílkovin, mastných kyselin a aminokyselin.
- Index dysbiózy
- Četnost výskytu nejdůležitějších kmenů
- Metabolom (funkční skupiny)
- žlučové kyseliny
- trimetylamin (TMA)
- indoxylsulfát
- fenol
- amoniak
- histamin
- equol
- Beta glukuronidázy
- Actinobacteria
- Bacteroidetes
- Firmicutes
- Tvorba butyrátu a mastných kyselin s krátkým řetězcem
- Hodnocení prevalence klostridií
- Fusobacterium spp.
- Dialister invisus
- Proteobakterie
- Stanovení patogenních nebo potenciálně patogenních bakterií
- Archeony
- Skupiny bakterií relevantní pro sliznici:
- Sirovodík
- Oxalobacter formigenes
- Escherichia coli, entorokoky, imunitní systém sliznic
- Tvorba mucinu a mukózní bariéra
- Mykologická analýza stolice
- Doplňkové parametre
- Slizniční imunita - sekreční imunoglobulin A
- Hladina kalprotektinu
Sekvenční analýza se provádí v laboratoři v Německu.
